تحتوي مكتبة المسجد النبوي الشريف على عدد واسع من الكتب النادرة ذات الطبعات القديمة والحجرية والتي تجاوز عمرها المئة عام ونيف.
ويشير رئيس قسم المخطوطات سابقا في المسجد النبوي الشريف، المشرف على قسم المخطوطات بمركز بحوث ودراسات المدينة المنورة محمد الصانع إلى أنه بجانب ما تمثله تلك المطبوعات والتي وضعت ضمن قسم «المجموعات الخاصة» من مكانة وثقل علمي وتراثي يلي المخطوطات فهي تمثل الجسر التاريخي وحلقة الوصل في تاريخ مكتبة المسجد النبوي الذي يربط حاضرها الزاهر بالمنجزات مع تاريخها العريق.
ويبلغ عددها إجمالا 4500 كتاب في شتى صنوف المعارف الإسلامية، تمت فهرستها وترتيبها وفق ترتيب ديوي العشري، وهذا جانب من أقدم 7 كتب نادرة تحتفظ بها مكتبة المسجد النبوي ضمن قسم المجموعات الخاصة