يمتلك مركز بحوث ودراسات المدينة المنورة والذي تشرف عليه دارة الملك عبدالعزيز عددا واسعا من المخطوطات والوثائق القديمة، وهي مخطوطات تهتم بـ: 1- تاريخ الحرمين الشريفين مكة المكرمة والمدينة المنورة.
2- التاريخ العام كالسير والتراجم، واللغة العربية والأدب، والنحو والصرف والبلاغة.
3- العلوم البحتة كعلوم الفلك والجبر والطب والحساب.
4- علوم القرآن، والتفسير والحديث، ومصطلح الحديث.
5- الفقه العام وأصوله إضافة إلى الفقه الحنفي والمالكي والشافعي والحنبلي.
6- مخطوطات تتعلق بالمواعظ والأدعية وفضائل الأعمال.
من خطوات المركز العلمية 1- قام مركز بحوث ودراسات المدينة المنورة في خطواته الأولى بمسح شامل لمخطوطات المكتبات، والتي تقتني ثورة من أصول المؤلفات أو صورا لأصول منتشرة في مكتبات كثيرة في أنحاء العالم.
2- هناك عدد من المكتبات التي غطاها المركز ضمن مشروعه المسحي لمخطوطات المدينة المنورة بينها: مكتبة مخطوطات الجامعة الإسلامية مكتبة مخطوطات الحرم المدني مكتبة مخطوطات الحرم المكي مكتبة مخطوطات مركز خدمة السنة النبوية مكتبة عارف حكمت المكتبة المحمودية مكتبة الصافي مكتبة بشير آغا مكتبة الملك فهد الوطنية بالرياض مكتبة مخطوطات جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية بالرياض مكتبة آل هاشم الخاصة بالمدينة المنورة 3- حصل المركز على صور ميكروفيلم للمخطوطات التي تتحدث عن المدينة بشكل كلي أو جزئي وقرر إخراج سلسلة من الفهارس التحليلية لها.
4- أصدر المركز كتاب "المدينة المنورة في مئة مخطوط" عام 1420، وهو عبارة عن فهرس تحليلي لمحتويات كل مخطوط يكشف عن موضوعه، ويعطي صورة صحيحة لمضمونه ويشجع المهتمين بالإقبال عليه وتحقيقه.
خدمة الباحثين: ويتجه المركز عبر تلك التركة إلى خدمة الباحثين في سياق تأكيد أهدافه، إضافة إلى ترسيخ دور مركز البحوث في إثراء المحتوى المعرفي من خلال إتاحة عدد من الوثائق لعامة الناس.