تستقل المدن الطبية والمستشفيات التخصصية التابعة لوزارة الصحة بدءا من الأسبوع الحالي ماديا عن الوزارة من حيث ميزانيتها، إذ نصت المادة التاسعة من إقرار الأنظمة على اعتماد ميزانية خاصة باسم ميزانية (أمانة مجلس إدارة المدن الطبية والمستشفيات التخصصية التابعة لوزارة الصحة)، ويصرف منها على أعمال المجلس ولجانه ومكافآت أعضائه وأمانته وفقا للأنظمة واللوائح المالية المعمول بها، بينما خصص ضمن المادة التاسعة أن يكون لكل مدينة طبية ومستشفى تخصصي ميزانية تشغيلية سنوية.
وتهدف المدن الطبية والمستشفيات التخصصية إلى تقديم أفضل الخدمات الطبية والصحية على أرقى المستويات، وتوفير أرفع خدمات الرعاية الطبية التخصصية والإسهام في إرساء قواعد ومقاييس عالية لممارسة مهنة الطب وتوفير الكفاءات الوطنية المتخصصة وتأهيلها للعمل، بالإضافة إلى إعداد برامج متكاملة لتدريب الأطباء السعوديين من أجل إعدادهم للمشاركة في تقديم الرعاية الطبية على مستوى الأطباء المقيمين والزمالات المتخصصة.
وتضمنت المادة الثانية السعي نحو استقطاب الكفاءات والكوادر الوطنية والعالمية المتميزة في المجالات الطبية العالية التخصصية واحتضانهم ودعمهم، والتعاون مع الهيئات الصحية والمؤسسات التعليمية في السعودية بهدف رفع الوعي والثقافة الصحية بين أفراد المجتمع، بالإضافة إلى الإسهام في إصدار المجلات الطبية والعلمية والنشرات والدوريات، كما نصت المادة الثانية على التعاون مع الهيئات الطبية المتخصصة في البحث العلمي داخل السعودية وخارجها في مجال الأبحاث العلمية والتطبيقية من أجل تطوير وسائل العلاج وتحسين الرعاية الطبية بشكل عام والتخصصات الطبية بصفة خاصة.

المدن الطبية

- مدينة الملك فهد بالرياض.
- مدينة الملك عبدالله بمكة.
- مدينة الأمير محمد بن عبدالعزيز بالجوف لخدمة المناطق الشمالية.
- مدينة الملك فيصل بعسير لخدمة المناطق الجنوبية.
- مدينة الملك خالد بالمنطقة الشرقية.

المستشفيات التخصصية.

- مستشفى الملك خالد للعيون بالرياض.
- مستشفى الملك فهد بالدمام.