شرعت هيئة المدن الاقتصادية في تنفيذ اللائحة الجديدة لوكالة الموانئ المنظمة لسير السفن التجارية داخلها، باعتبارها الجهة المفوضة في إدارة وتشغيل موانئ المدن الاقتصادية، وتعزيز وتطوير استخدام الميناء وحفظ النظام وضمان أمن وسلامة الأشخاص والسفن ومستخدمي الميناء وحماية البيئة، بحيث تلتزم الموانئ بالسعي في إنجاز الخدمات خلال مدة لا تتجاوز 60 دقيقة على مدار 24 ساعة خلال أيام الأسبوع.
ومن أهم بنود اللائحة منح الهيئة الحق في إصدار قواعد وبيانات السياسات والقرارات التنفيذية والمعايير الخاصة بإنشاء وإصلاح وتطوير موانئ المدن الاقتصادية، وتنظيم الأنشطة المتعلقة بها والتي تمارس في حدودها المائية، وضمان توفير الخدمات البحرية الفاعلة، وفرض الرسوم والمستحقات والتعرفة والرسوم الأخرى، وصلاحية إنشاء أنظمة تسجيل البيانات الالكترونية، وحل المنازعات والاختلافات المتعلقة بهذه اللائحة، وكذا إصدار اللوائح الخاصة بحجز أو رهن السفن وإصدار قواعد استئجارها، وتحديد عقوبات الإخلال بلوائح التنظيم، كما يوكل إليها منح الأذونات والتراخيص في مجال التخليص الجمركي والأنشطة الأخرى في الموانئ.
وتقبل الهيئة استخدام المستندات والمراسلات المحررة بالإنجليزية لتشجيع التنافسية، كما يعطي النظام للهيئة الحق في تحديد رسوم أو مستحقات الميناء أو الخدمات أو تجديد التصاريح أو رسوم الرعاية البحرية ومستحقات الميناء ورسوم الإرشاد والمبالغ المفروضة على البضائع، على أن تكون الرسوم متلائمة مع المقدرة التنافسية مع الموانئ العالمية.
وأعطى التنظيم ناظر الميناء حقوقا وصلاحيات، منها توجيه أي سفينة إلى المكان الذي يجب أن ترسو فيه في الميناء أو أثناء مغادرتها، واحتجاز أي سفينة لا تلتزم باللائحة أو المعاهدات أو المعايير الدولية، أو بسبب عدم سداد الرسوم أو المستحقات أو التسبب في أضرار أو تلوث وفق متطلبات النظام الدولي.
كما يجوز منع السفن دخول الموانئ في حال اقتضت المصلحة ذلك.
وحددت اللائحة جملة من المخالفات التي وصفها بذات الأولوية القصوى، منها الإزالة المتعمدة أو الإتلاف الواضح، والتهرب من الرسوم أو المستحقات أو إدارة خدمات الميناء بدون ترخيص التدخل في حركة ملاحة السفن التجارية أو استخدام السفن المعيبة التي تعرض للخطر أو إثقال السفن بأكثر من طاقتها.
وكشف النظام عن أن للهيئة كامل السلطة في منح التراخيص للأفراد والشركات أو التكتلات لممارسة أي عمل، مثل أنشطة التطوير، وإنشاء الأعمال التجارية والاستثمارية، وتقديم الخدمات والتشييد والصيانة أو مزاولة الأنشطة الحكومية مثل التفتيش والمطابقة وخدمات البلديات والجمارك والتسجيل وتسوية المنازعات، مع أهمية تحديد تفويض السلطات للمستفيد من الترخيص.
النظام الجديد بيّن أدوار ومهام مشغل الميناء والمطور الرئيس ومالكي السفن والمشغلين، ليكون مالك السفينة والربان هو المسؤول الأول أمام الهيئة والمطور والمشغل عن أي أضرار ناجمة للميناء.
النظام بيّن أن لوكالة الموانئ والجمارك داخل المدن الاقتصادية استخدام مرشدين أو تفويض أشخاص للعمل وفقا للوائح الهيئة.