تبدأ جامعة الملك فيصل بالمفاضلة بين المتقدمين من خريجي طلبة المرحلة الثانوية الكترونيا، على حسب الأعداد التي حددها مجلس الجامعة لكل كلية من كليات الجامعة، وحسب النسبة الموزونة للمتقدمين، وبناء على الرغبات المختارة من قبل المتقدم تسلسليا.
وأوضح عميد القبول والتسجيل بالجامعة الدكتور محمد الفريدان أن النظام يعطي الأفضل من الأعلى وهي الرغبة الأولى وحتى الأدنى وهي الرغبة الـ14 للقسم العلمي، أو الرغبة الخامسة للقسم الأدبي والشرعي والإداري والمعهد العلمي وتحفيظ القرآن.