حدد برنامج العناية بالمساجد التاريخية بالسعودية ثلاث جهات تساند وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد للعناية بالمساجد التاريخية، وهي:
  1. الهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني.
  2. وزارة الشؤون البلدية والقروية.
  3. المؤسسات الخيرية.
وتعد وزارة الشؤون الإسلامية الجهة المعنية بشكل أساس بالمساجد التاريخية، كونها تأتي ضمن أهدافها «العناية ببيوت الله وعمارتها»، فيما تأتي مهام الهيئة مرتبطة بمسؤوليتها على مواقع التراث الإسلامي ومباني التراث العمراني، كما تشارك وزارة الشؤون البلدية والقروية في تهيئة المواقع المحيطة بالمساجد، ومراجعة مخططات تأهيلها، وإصدار رخص الترميم والتوسعة لها.

فيما تساهم المؤسسات الخيرية في عمليات الترميم، منها مؤسسة التراث العمراني ومؤسسة الأعمال الخيرية لعمارة المساجد على أن يتم ذلك وفق سياسات وإجراءات الترميم الخاصة بالجهات السابقة.