يزخر الهيكل التنظيمي والإداري للاتحاد السعودي لكرة القدم بعدد كبير من اللجان الإدارية والتنظيمية والقضائية المختلفة المهام، حيث يبلغ عدد اللجان المشكلة حسب الموقع الرسمي للاتحاد 14 لجنة، إضافة لـ 3 لجان منصوص عليها في لائحة النظام الأساسي للاتحاد «منشورة بالموقع الرسمي»، وليس لها أي وجود أو تشكيل أو ذكر خارج اللائحة.
ولعل من أبرز لجان الاتحاد السعودي لكرة القدم وأكثرها فاعلية لجنة الحكام، ولجنة المسابقات، ولجنة الاحتراف، ولجنتا الانضباط والاستئناف، ويأتي بدرجة أقل لجنة المسؤولية الاجتماعية والتي كان لها بعض المبادرات الاجتماعية المنظمة، إضافة إلى لجنة المالية والتسويق، وأخيرا اللجنة القانونية.
أما بقية اللجان الخمس المشكلة فلا يكاد المتابع الرياضي يحس بأي وجود لها على السطح، رغم تشكيلها برؤساء وأعضاء، ومهام معينة.
وتختلف أسباب عدم بروز هذه اللجان بين عدم اهتمام رئيس اللجنة وأعضائها بالقيام بمهامهم أساسا، وغياب المتابعة والمحاسبة الإدارية، بينما يكون السبب في احتجاب بعض اللجان الأخرى هو عدم إتاحة الفرصة الحقيقية لها باتخاذ قرارات أو مبادرات تنظيمية وفق ما تراه،ولكن غياب هذه اللجان عن أذهان المتابعين الرياضيين أصبح يطرح علامات استفهام حول جدوى تشكيلها أساسا، والمهام الحقيقية لها، ودورها في تطوير عمل الاتحاد.