توصلت أعمال التنقيبات الأثرية التي ينفذها فريق متخصص من قطاع الآثار بالهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني بمسجد المعمار في جدة التاريخية، لاكتشافات جديدة تمثلت في البئر التاريخية التي كانت تغذي المسجد بالمياه، وكذلك عن مجرى آخر كان يصل عين فرج يسر بالمسجد. وأكد مدير عام الهيئة بمنطقة مكة المكرمة محمد العمري أن المختصين من قسم الآثار وقفوا على هذين الموقعين، حيث يعتقد أن البئر المكتشفة تم إنشاؤها مع إنشاء المسجد قبل نحو 160 عاما، وتقع على بعد 5 أمتار من الجهة الشرقية من المسجد، وأزال الفريق الأتربة من البئر وصولا إلى سطح الماء الذي ما زال متوفرا فيها. ويبلغ قطر البئر 1.60م وعمقها 3 أمتار إلى سطح الماء، وهي مطوية بالحجر المقطوع المعروف محليا بحجر المنقبي، وترتبط البئر ببركة مجاورة. أما عن مجرى المياه القادم من عين فرج يسر فقد كان أحد المصادر الأساسية لتغذية المسجد بالمياه، ويعتقد أنه كان يساعد على توفير الماء للمسجد في حال شح المياه في البئر، وتشير المصادر التاريخية إلى أن بناءه تم على يد الوالي مصطفي معمار باشا عام 1263هـ وجدد في عام 1284هـ. ويحتل المسجد المرتبة الثانية في خارطة المساجد التاريخية بجدة بعد مسجد الشافعي.