يحظى نظام كيتو الغذائي بشعبية كبيرة، ولكن هناك آراء متناقضة حوله، فبعض خبراء التغذية يؤكدون على الفوائد المرتبطة به، بينما يقترح البعض أنه يجب تجنب نظام كيتو الغذائي، وفقا لعدة مواقع.. وهذه مخاطر اتباع نظام كيتو الغذائي:

1- يرفع نسبة الكوليسترول.

2- يؤدي إلى نقص المغذيات.

3- يزيد معدل ضربات القلب.

4- يسبب مشاكل في الجهاز الهضمي.

5- يؤدي إلى الجفاف.

6- يسبب انخفاضا خطيرا في نسبة السكر في الدم.

7- يضر بصحة العظام.

8- يزيد من خطر الإصابة بالأمراض المزمنة.

9- يجهد الكلى.