تبذل وكالة شؤون المسجد النبوي بالتعاون مع جهات ذات علاقة أمنية وصحية جهودا كبيرة في عمليات التعقيم والنظافة داخل المسجد وخارجه يوميا، إضافة لعدد من الفحوصات الطبية قبل الدخول للمسجد، تشمل منسوبي الوكالة وجميع العاملين، وأفراد الأمن والحراسات، وذوي الجنائز، ضمن سلسلة الإجراءات الوقائية المتخذة.