باشرت اللجان الضريبية أعمالها للفصل في المنازعات والمخالفات الضريبية، وذلك استنادا على الأمر الملكي التعميمي، القاضي بالموافقة على قواعد عمل لجان الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية، وفقا للضوابط الواردة في الأمر.

وتسهم الأمانة العامة للجان الضريبية في إدارة المنازعات الزكوية والضريبية بكفاءة وفاعلية، من خلال تقديم الدعم الإداري والقانوني والفني والمحاسبي للجنة الفصل في المخالفات والمنازعات الضريبية، واللجنة الاستئنافية للمخالفات والمنازعات الضريبية التي تعد قراراتها نهائية غير قابلة للطعن أمام أي جهة قضائية أخرى.

وتتيح الأمانة إجراء جميع المعاملات والإجراءات عبر بوابتها الالكترونية، حرصا على الإسهام في إنفاذ الأنظمة الزكوية والضريبية وحماية الحقين العام والخاص، وتوفير الوقت والجهد على المتعامل.

ومن أبرز الخدمات التي تقدمها الأمانة العامة للجان الضريبية للمكلفين، خدمة التقاضي عن بعد التي تمكن المتعامل من تقديم الدعوى واختيار موعد جلسة النظر لحضور الجلسات عبر مكاتب التقاضي عن بعد حتى صدور القرار فيها واستلامه الكترونيا.