اعتمدت الجهات المشاركة في برنامج التحول الوطني آلية تشاركية في المراحل كافّة، حيث عمل مجلس الشؤون الاقتصادية والجهات الحكومية الـ24 المشاركة في المرحلة الأولى من البرنامج بشكل جماعي، وتمّت دعوة جهات حكومية أخرى للمساهمة في تخطيط المبادرات وتفصيلها مثل وزارتي الداخليّة والخارجيّة وغيرهما، وذلك حرصا على تنسيق العمل ورفع جودة وواقعية المخرجات. وتضمنت آلية عمل برنامج التحول الوطني 5 مراحل هي: 1 - حصر تحديات الجهات في سبيل تحقيق الرؤية ووضع أهداف مرحلية حتى 2020: انطلق تعريف أهداف البرنامج من تحديد كل جهة لأهم العوائق والتحديات التي تواجهها في سبيل تحقيق أهداف «رؤية 2030»، ثم تلا ذلك وضع مستهدفات لمواجهة هذه التحديات ضمن الإطار الزمني للبرنامج من عام 2016 وحتى 2020. واختير هذا الإطار الزمني ليمثل أهدافا مرحلية يمكن من خلالها التخطيط بشكل أقرب لأرض الواقع. وشملت رحلة تحديد المستهدفات مقارنتها مع التجارب والمعايير الإقليمية والدولية وانطلاقا من الوضع الحالي، وذلك عبر جهد مشترك بين المركز الوطني لقياس أداء الأجهزة العامة والجهات المعنية والهيئة العامة للإحصاء. 2 - تطوير مبادرات داعمة بشكل سنوي لتحقيق الأهداف الاستراتيجية: تطور الجهات المشاركة مبادراتها السنوّية التي يعوّل عليها تحقيق الأهداف والمستهدفات المرحلية التي وضعت سعيا لمواجهة تحديات تحقيق «رؤية 2030»، حيث تم العمل على تطوير المبادرات التي سيبدأ إطلاقها عام 2016 وإعداد دراسات الجدوى بعد الرجوع إلى أفضل الممارسات والتجارب العالمية، وخضعت تلك المبادرات إلى نقاشات مكثفة من قبل خبراء محليين ودوليين، إضافة إلى ممثلين من القطاع الخاص. كما طورت الجهات أساليب تمويل جديدة بغرض رفع كفاءة الإنفاق الحكومي وتعزيز مشاركة القطاع الخاص. ومن أهم ما اتسمت به مرحلة تطوير المبادرات ضمن نطاق برنامج التحول الوطني هو الحرص على إخضاع مبادرات الجهات إلى مراجعة من قبل وحدات دعم متخصصة تمثل أهدافا وطنية مشتركة لا تندرج ضمن نطاق جهة بعينها وتهدف للعمل مع الجهات على إعادة هيكلة بعض المبادرات لتعظيم أثرها في تحقيق تلك الأهداف. 3 - تطوير الخطط التنفيذية التفصيلية لتنفيذ المبادرات: من أبرز ما يميز برنامج التحول الوطني هو وجود خطط تفصيلية لتنفيذ كل مبادرة سعيا لتعزيز كفاءة الإنفاق الحكومي، حيث تحتوي الخطط التفصيلية التي وضعتها الجهات لكل مبادرة على تفصيل لمراحل وخطوات تنفيذ المبادرات، والمدى الزمني لتنفيذ كل خطوة وتوزيع لمسؤوليات التنفيذ ودرجة الاعتمادية على مبادرات أخرى، بالإضافة إلى سرد للمتطلبات التشريعية والمالية والبشرية لتنفيذ المبادرة. 4 - تعزيز الشفافية ونشر المستهدفات والنتائج: للشفافية دور كبير في إنجاح برنامج التحوّل الوطني، حيث يعمل البرنامج على نشر المستهدفات والنتائج الخاصّة بالجهات الحكومية، بما يمكّن الجهات الحكومية والقطاعات الأخرى وأصحاب العلاقة من متابعة وتقييم الأداء، وسيتمّ ذلك من خلال نشر لوحة مؤشرات الأداء وتحديث نتائجها وتحليلها باستمرار. 5 - المراجعة والتحسين المستمر وإطلاق مبادرات جديدة وضم جهات إضافية: سعيا نحو التحسين المستمر ومتابعة التقدم في تحقيق الأهداف الاستراتيجية للجهات المشاركة في البرنامج، تشتمل آلية العمل على مراجعة دورية لمدى تحقق الأهداف الاستراتيجية، وذلك عبر متابعة دقيقة للمستهدفات ومدى تقدم المبادرات التي تقوم الجهات على تنفيذها وفق مستويين مختلفين:

1. مراجعة مدى تحقق المستهدفات المرتبطة بالأهداف الاستراتيجية للجهات والتي تمثل مدى نجاح الجهة في تجاوز التحديات الوطنية.
2. متابعة تقدم الإنجاز في المبادرات مقارنة بالخطط المرسومة لها ويساعد هذا المستوى من المتابعة في اتخاذ الإجراءات التصحيحية بشكل مبكر قبل انعكاس آثار معوقات التنفيذ على تحقيق المستهدفات.

وتكمن أهمية هذه المرحلة من آلية البرنامج في أنها تمثل جزءا مهمّا من التغذية الراجعة التي تساعد أصحاب العلاقة ضمن منظومة برنامج التحول الوطني بمختلف مستوياتهم على تحديد الفجوات بشكل مستمر واتخاذ إجراءات تصحيحية، بما في ذلك تحسين أهداف ومستهدفات برنامج التحول الوطني واستحداث مبادرات سنوية وضمّ جهات حكومية إضافية، وذلك بالتنسيق مع مكتب الإدارة الاستراتيجية، وصولا إلى الغايات المتوخاة من إطلاق برنامج التحول الوطني عام 2020.